Il se fait remarquer aux armées des Alpes et des Pyrénées-Orientales, à la bataille de Thun, à la défense du château de Puycerda (1795) et fait les campagnes de 1796 à 1798, à l’armée d’Italie.
Gilly est nommé général de brigade le 30 juillet 1799. Après des passages aux armées du Danube, des Grisons, etc., il commande, le 12 mai 1801, une division au Portugal avant de revenir à l’Armée
d’Italie le 11 septembre 1805.
D’abord affecté à Makarska en Dalmatie en juillet 1806, il rejoint, en mars 1807, le 3ème corps du maréchal Davout. Il y commande la 1ère brigade de la division Friant. Crée baron de l’Empire le
27 novembre 1808, le général Gilly prend ensuite pendant quelques mois le commandement de la 3ème brigade (25ème et 85ème de ligne) de la division Gudin avant de reprendre la tête de sa 1ère
brigade (15ème léger) sous Friant. C’est avec cette unité qu’il sert à Thann (19 avril 1809), à Ratisbonne (23 avril) et à Wagram (6 juillet) où, à la tête du 33ème de ligne et du 15ème léger, il
est blessé d’un coup de feu. Cette belle campagne lui vaut d’être promu général de division le 16 août 1809.
Affecté alors au commandement de la 1ère division (sous Reille) à l’Armée d’Anvers, il occupe Middelbourg en septembre 1809 puis reçoit, le 11 mars 1810, le commandement général des îles de
Zélande. Il est fait Grand-Officier de la Légion d’Honneur le 30 juin 1811, puis, pendant la première Restauration, Chevalier de Saint-Louis (8 juillet 1814).
Il est à la disposition du duc d’Angoulême pour commander la réserve de Nîmes. Après avoir levé à la hâte, dans le département du Gard, un corps de volontaires royalistes pour s’opposer au retour
de Napoléon, le général Gilly prend position pour l’Empereur dès le le 4 avril 1815 et marche aussitôt contre le duc d"Angoulême. Ce dernier effectue alors précipitamment sa retraite sur
Montélimar. C’est alors qu’a lieu la convention conclue à la Palud, le 8 avril 1815, entre le général Daultanne au nom du prince, et le colonel Saint-Laurent au nom de Gilly : elle porte en
substance, que l’armée royale sera immédiatement dissoute et que le Duc aura la liberté de s’embarquer au port de Sète pour la destination de son choix. Napoléon Ier ayant approuvé la conduite du
général dans cette circonstance difficile, le nomme comte de l’Empire le 29 avril 1815 et lui confie le commandement de la 9e division militaire, avec le titre de commissaire extraordinaire du
gouvernement impérial. Le département du Gard le nomme en outre son représentant à la Chambre des députés.
Après la bataille de Waterloo, Gilly est proscrit par l’ordonnance du 24 juillet 1815. Traqué par la police royale, il s’enfuit aux Etats-Unis. Le premier conseil de guerre de la 1ère division
militaire le condamne à mort par contumace le 25 juin 1816.
He pointed to the armies of the Alps and Pyrenees-Orientales, at the battle of Thun, defense Puycerda Castle (1795) and made the campaigns from 1796 to 1798, the Army of Italy. Gilly was
appointed brigadier general July 30, 1799. After crossing the Danube armies, Graubünden, etc.., He commanded, May 12, 1801, a division in Portugal before returning to the Army of Italy September
11, 1805.
First assigned to Makarska in Dalmatia in July 1806, he joined in March 1807, the 3rd corps of Marshal Davout. He commanded the 1st Brigade of the Friant Division. Created Baron of the Empire
November 27, 1808, General Gilly takes a few months later commanded the 3rd Brigade (25th and 85th line) of Gudin's division before resuming the head of his first brigade (15th light) in Friant.
With this unit he serves in Thann (April 19, 1809), Regensburg (April 23) and Wagram (July 6) where, as head of the line of the 33rd and 15th light, he is wounded by a shot. This beautiful
countryside to his being promoted to Major General August 16, 1809.
Then assigned to command the first division (under Reille) to the Army of Antwerp, he held in Middelburg in September 1809 and received on 11 March 1810, the general command of the islands of
Zealand. It is made Grand Officer of the Legion of Honor June 30, 1811, and then, during the first Restoration, Knight of St. Louis (July 8, 1814).
It is available to the Duc d'Angouleme to control the supply of Nimes. Having lifted in haste, in the Gard department, a body of royalist volunteers to oppose the return of Napoleon, General
Gilly takes a stand for the Emperor from the April 4, 1815 and march at once against the Duke " Angouleme. then does so hastily retreated to Montelimar. It was then that the agreement in place
Palud, April 8, 1815, between General Daultanne on behalf of the Prince and Colonel St. Lawrence for Gilly: she wears in substance, that the royal army will be immediately dissolved and that the
Duke will have the freedom to embark at the port of Sète for the destination of his choice. Napoleon having approved the conduct of the General in this difficult situation, appointed Count of the
Empire April 29, 1815 and assigned command of the 9th military division, with the title of Special Commissioner of the Imperial Government. Department of the Gard also appoints a representative
to the Chamber of Deputies.
After the battle of Waterloo, Gilly is proscribed by the order of 24 July 1815. Hunted by the royal police, he fled to the United States. The first court martial of the first military division
sentences him to death in absentia 25 June 1816.